Il progetto HERMIONE (Hotspot Ecosystem Research and Man's Impact on European Seas) indaga gli ecosistemi profondi in alcuni punti critici lungo i margini continentali europei quali il Mediterraneo, il Nord Est Atlantico e parte dell’Artico. HERMIONE è il progetto successivo ad HERMES che si è concluso con successo a marzo 2009.

ISMAR collabora al progetto esplorando alcuni “hot spot” specifici del Mediterraneo quali canyon sottomarini, ambienti chemiosintetici, coralli profondi, montagne sottomarine e ambienti di scarpata in particolare nel sud Adriatico e nel Canale di Sicilia. Il progetto ha un approccio fortemente interdisciplinare (includendo biologi ecologi, microbiologi, biogeochimici, sedimentologi, oceanografi fisici, modellisti ed economisti) integrando aspetti legati alla biodiversità, agli adattamenti specifici e alla capacità biologica degli ecosistemi in ambienti di mare profondo fortemente vulnerabili. Il progetto si pone l’obiettivo di identificare le implicazioni economiche dell’attività e dell’impatto antropico e di pianificare azioni di governo finalizzate alla gestione, conservazione e sfruttamento sostenibile degli ambienti marini profondi.