L'obiettivo principale della crociera MARCOS è stata la documentazione dei siti corallini di acque profonde nello Stretto di Sicilia. In particolare, l'obiettivo principale è stato quello di visualizzare e campionare ulteriormente le province coralline di acque profonde scoperte di recente a sud di Malta e intorno alle sponde vulcaniche e all' isola nello Stretto di Sicilia esplorate dal ROV durante una precedente crociera. Durante MARCOS questi siti corallini sono stati mappati in dettaglio, e sono stati acquisiti dati CTD e numerosi campioni di fondale per analisi interdisciplinari in corso sulle barriere coralline di acque profonde. Il campionamento del fondale marino è stato il fulcro della crociera MARCOS. Inoltre, durante la crociera, sono stati acquisiti anche nuovi dati andana-batimetrici e geofisici dal Bacino di Gela. Sono stati effettuati due recuperi e riposizionamenti degli ormeggi (mooring) per studiare l'interazione tra correnti di fondo e fondale marino nel Bacino di Gela.